1990 m. balandžio 25 d. įkurtam Krašto apsaugos departamentui pavestoms užduotims vykdyti vien tik Vilniuje esančių darbuotojų neužteko, todėl apskričių centruose buvo įkurti Krašto apsaugos departamento skyriai, vėliau tapę apskričių komendantūromis. Be to, buvo įkurtos ir rajonų komendantūros, o po 1991 m. rugpjūčio pučo Maskvoje kiekvienoje komendantūroje suformuoti komendantiniai būriai, kurių užduotis buvo padėti komendantams vykdyti iškeltus uždavinius. Komendantūros, apskričių ir rajonų komendantai per dvejus ypač sunkius Lietuvai ir atkuriamai jos kariuomenei metus, vykdydami karinės administracijos funkcijas, bendraudami su civiline administracija ir Rusijos karinių dalinių vadovybe, o pavojingiausiais momentais perimdami vadovavimą visiems krašto apsaugos sistemos padaliniams jų kontroliuojamose teritorijose, padėjo išlaikyti ir įtvirtinti suverenias teises visoje nepriklausomos Lietuvos teritorijoje, sėkmingai išvesti iš jos Rusijos karinius dalinius.